Légalement, un(e) Francais(e) peut bénéficier d'un visa résident à Madagascar si il a épousé un(e) Malgache.
Au même titre qu'un(e) Malgache peut bénéficier d'un visa de résident en France si il a épousé un(e) Français(e).
Le visa ne peut être refusé sauf si il y a un doute sur la nature du mariage (mariage blanc ou gris) ce qui amène à une enquête avant de délivrer le visa.
Le "haut fonctionnaire" n'a même pas à donner son avis. Je ne vois d'ailleurs pas pourquoi il s'est adressé à un haut fonctionnaire, il n'avait qu'à suivre la procédure légale.