El tipo de alojamiento que puede convenir a cada persona puede ser distinto según gustos, si deseas cocinar tu propia comida e independencia (apartamento), si viajas en vehículo propio (Resort o Motel), si te gusta socializar y compartir experiencias (Hostel comunitario), etc.. Luego tener claro el presupuesto para ello, y hasta donde puedes ajustar a la baja tu comodidad, seguridad e higiene aceptando un alojamiento modesto pero sin carencias básicas para ti.
Las 3 zonas que te interesan tienes que averiguar si son caras o baratas. No es lo mismo instalarse en Boracay y alrededores, que en Dipolog y alrededores (hay un abismo en diferencia de precios). Supongo que deberías hacer un estudio de viabilidad económico de tu plan de viaje. Parece ser que dispones de 3.000€ para este viaje de 3 meses... Tal vez sería más práctico reducirlo a 2 meses con ese mismo presupuesto. Todo depende de la zona a que vayas. Si no te mueves, Filipinas es relativamente barato, pero si pretendas visitar bastantes lugares, es todo lo contrario.
Quizás sería bueno adquirir un billete de viaje abierto o con posibilidad de cambios en la fecha de retorno. De esta forma, sobre la marcha decides si estar más o menos, según ritmo de gasto.
En cuanto a tipos de alojamiento hay de todo como en España, o quizás debido a su legislación, algo más.
Hoy en día, mediante TripAdvisor, o mejor Booking u otros igual de fiables, tendrás las respuestas que parece que te interesan: Hosteles comunitarios desde 4 euros la noche, hasta hoteles (Resorts) de 5.000 euros la noche. También fuera de los buscadores mencionados, si te interesa y sobre la marcha encontrarás hospedajes aún más comunitarios (8 literas en 4 metros cuadrados escasos y con suerte un pequeño ventilador para todos) desde menos de 1 euros la noche (nada recomendable).
Suerte y a disfrutar del viaje.