Cambio de empleador en visa sujeta a contrato después del plazo

Buen día, solicito urgentemente su asesoría. Soy mexicano, administrador de empresas con un posgrado en administración de recursos humanos, títulos obtenidos en México y perfectamente legalizados. En enero vine a Chile con la intención de buscar un trabajo formal, encontré a una empresa en la ciudad de mi interés pero por pendientes que tenía en México tuve que postergar mi incorporación a esta empresa. Llegué a Chile nuevamente el 20 de junio de este año para trabajar con esta empresa en la Región del Bío Bío. El 26 de junio solicité una visa sujeta a contrato y días después me di de alta en la AFP con un RUT provisional que la misma AFP me asignó; mientras la visa estaba en trámite, pagué por un permiso provisional de trabajo válido por 90 días. Llevaba un mes bajo contrato pero no estaba nada contento con el trabajo, buscando otra opción, surgió una oportunidad en otra empresa con mejores condiciones para mí, así que renuncié, firmamos el finiquito el 31 de julio y me dieron el comprobante de mi baja ante la AFP. Pero por tener la visa aún en trámite y por el poco tiempo que había pasado, la verdad me asusté de que me fuera a causar problemas legales y no avisé nada a extranjería.

Inicié labores en esta otra empresa el 22 de agosto por un periodo de prueba, en este tiempo han pagado mis imposiciones por los días de agosto y el mes de septiembre con el RUT provisional. El 10 de septiembre, extranjería me estampó en mi pasaporte la visa sujeta a contrato con la primer empresa, me registré ante la PDI con esa visa, y solicité mi carnet de identidad que se encuentra en trámite pero en ese momento mi actual empresa no aceptó darme el contrato por un año. Ahora ya me dieron el contrato y quiero iniciar de nuevo el trámite de visa sujeta a contrato con la nueva empresa. Ya investigué en extranjería y para pedir la nueva visa, me piden que lleve las liquidaciones de cuotas ante la AFP para revocar la primer visa. Pero como en este tiempo, 2 empresas han pagado a mi nombre cuotas a la AFP, temo que se genere alguna multa por no haber hecho el cambio antes de iniciar actividades en una nueva empresa o peor aún, que sea motivo para alguna sanción mayor a mi persona. 

Mi duda es:

¿Cómo debo presentar mi nueva solicitud de visa para no generar multas para mi o las empresas o sanciones mayores como expulsión para mi por este caso? ¿qué puedo hacer al respecto? he pagado todas mis imposiciones, ya si hay multa la puedo pagar, solo no quiero que me expulsen. Yo vine aquí por mi novia, es chilena y tiene acá a su papá con cáncer y no quiero dejarla sola.

De verdad agradezco muchísimo que me puedas apoyar con este tema, en este momento de tanta desesperación para mi. Saludos.